ЮНЭЙДС была создана в 1994 году резолюцией Экономического и социального Совета ООН и начала свою работу в январе 1996 года. Эта организация действует под руководством Координационного совета программы (КСП), в который входят 22 правительственных деятеля из всех географических регионов, спонсоры ЮНЭЙДС и пятеро представителей неправительственных организаций, в том числе ассоциаций людей, живущих с ВИЧ.